В августе 1861 года купец 1-ой гильдии Е.Н. Аннаев получил разрешение на строительство кирхи и заказал проект городскому архитектору Николаю Николаевичу Еремееву.
На следующий год после многочисленных согласований и изменений проекта Аннаев приступил на Дворянской улице (Куйбышева) к возведению кирхи. Но в 1863 году в западных областях империи, прежде всего в Польше, началось восстание (его называли тогда мятежом), во время которого были сожжены и разрушены православные храмы, школы при них. Это сделало невозможным открытие в Самаре католического храма.
Егор Никитич передал вчерне построенное здание евангелическо-лютеранскому совету. Он и завершил строительство. 26 сентября 1865 года состоялось освящение лютеранской кирхи. Первоначально богослужение в ней вели приезжие пасторы и лишь в 1868 году назначен постоянный пастор Э.Иогансон.
После революции римско-католический костел нормально действовал всего один год. 28 декабря 1918 года органы советской власти составили акт о передаче его имущества в губернский подотдел вероисповедания. Потом было решено, что «некоторые церковные предметы не могут считаться потребностью для костела как излишек, и передаются в общее народное достояние». В апреле 1922 года у костела изъяли самую ценную утварь: дарохранительницы, дароносицы, алтарные чаши, крест с реликвиями. Вслед за ними вывезли подсвечники, сукна и ковры и даже старый комод. У костела отобрали его дома, разграбили помещение польской школы.
Но даже после этого храм все еще действовал, и службы в нем проводил приглашенный из Пензы священник. В 1938 году в костеле открылся антирелигиозный музей. Затем здесь размещались польская школа, балетная студия, кинотеатр «Штурм». А в 1941 году это здание было передано областному музею краеведения. Лишь в годы перестройки началось возрождение храма. В сентябре 1991 года в нем состоялась первая месса. В 1995 году костел официально вернули католической общине. 17 ноября 1996 года состоялось его повторное освящение во имя Пресвятого Сердца Иисуса.