21 июля 1998 г. между департаментом по управлению государственным имуществом Самарской обл. и Иудейским религиозным обществом г. Самары был заключен договор безвозмездного пользования зданием хоральной синагоги. Губернатор Самарской обл. Константин Титов, словно разочаровавшись в прежних пользователях этого памятника культуры, передал синагогу Иудейскому религиозному обществу. Его возглавлял главный раввин Самары и Самарской обл. Шломо Дайч. Он также является представителем ультраортодоксального иудейского течения Хабат Любавич. Губернатор рассчитывал на то, что новые хозяева благодаря связям Дайча среди влиятельных бизнес-кругов США и Израиля восстановят здание. По информации источника «Хронографа», сразу после подписания распоряжения о передаче здания синагоги иудейской общине Дайч якобы получил от зарубежных спонсоров более четверти необходимой на реставрацию суммы, которая по смете составляла около S2 млн.
Спустя некоторое время в Самаре по юридическому адресу хоральной синагоги было зарегистрировано ООО «Компания СНК». Очень быстро эта фирма вышла на обороты, приносящие прибыль в десятки миллионов долларов. В Самарской обл. эта компания открыла первую в регионе сеть магазинов стройматериалов «Джинн-строй». По информации Михаила Каплана, часть земельного участка, закрепленного за синагогой, была продана в собственность этой компании, которая построила на нем офисное здание.
Что касается восстановления синагоги, то новые ее хозяева не сделали в нем каких-либо значимых ремонтных работ. Хотя два раза, и в 2002 г., и 2007 г., официально объявлялось о их начале.
В ноябре 2007 г. президент СЕНЦ Михаил Каплан провел видеосъемку хоральной синагоги. Запись зафиксировала текущее состояние здания. Оно находилось явно в аварийном состоянии: отдельные элементы конструкций были разрушены, в неудовлетворительном состоянии пребывали остекление, отопление, снабжение электричеством и водой.
В обветшавшем здании синагоги ночевали бомжи и наркоманы. Эта видеозапись вместе с сопроводительным письмом была направлена в управление Росимущества по Самарской обл. и Министерство культуры Самарской обл.
18 декабря 2007 г. Шломо Дайч в третий раз объявил о начале восстановительных работ в хоральной синагоге. На этот раз их намеревались осуществлять на средства Федерации еврейских общин России (ФЕОР) — российской организации общинного центра Хабат Любавич. В Самаре, по разным данным, она насчитывает около 100 членов.
Спустя некоторое время можно было понять, что реальных действий по восстановлению памятника культуры — самарской хоральной синагоги не предпринято. В результате в мае 2008 г. управление Росимущества по Самарской обл., возглавляемое Анваром Кинжабаевым, обратилось в Арбитражный суд Самарской обл. о расторжении договора с пользователем здания хоральной синагоги.
Но 26 декабря 2008 г. Кинжабаев получил письмо за подписью заместителя начальника правового управления центрального аппарата Росимущества, которое гласило: «Росимущество поручает территориальному управлению Росимущества по Самарской обл. обеспечить заключение мирового соглашения по делу №А55-12855/2008 в редакции, изложенной в обращении ФЕОР от 24.12.2008 №144/12... Копия обращения прилагается».
19 января 2009 г. на очередном заседании Арбитражного суда данное мировое соглашение было представлено на утверждение. 2 февраля суд не принял мировое соглашение и удовлетворил все исковые требования истца. В ответ Иудейское общество г. Самары подало апелляционную жалобу в Одиннадцатый арбитражный апелляционный суд, который 24 апреля отменил решение арбитражного суда и утвердил мировое соглашение, заключенное между Иудейским религиозным обществом г. Самары и ТУ ФАУГИ. Таким образом, здание хоральной синагоги осталось в пользовании Иудейского религиозного общества.